Chakra je energia ktorá prúdo v ninjovom tele a pomocou nej vyvoláva techniky.Bez chakry by neboli žiadny ninjovia a žiadne techniky.Chakru nemôžu vyvolať obyčajný ľudia.Na vyvolanie chakry sa musí ninja veľmi sústrediť.Može ju aj nahromaždiť v jednej časti teľa a tak vytvoriť techniku napríklad Rasengan.Alebo naopak musí techniku spraviť podľa pečatí.
Poznáme viac druhov chakry ale najznámejšia je asi modrá chakra ktorá sa v seriáli vyskytuje najčastejšie.Okrem nej poznáme ešte červenú chakru ktorú mal kyuubi ďalej poznáme liečivú chakru ktorá sa používa na liečivé techniky a nakoniec prekliata chakra ktorá je vyvolávaná Orochimarovou pečatou.
Medzi chakrou su takzvané chakrové body ktoré sa dá vidieť iba cez byakugan.Keď sa poruší chakrový bod tak nemôže cezeň prechádzať chakra.Ďalej ma chakra aj svoje brány ktorých je osem.Otvoriť ich dokáže Rock Lee a Maito Gai.Keď si ninja otvorí postupne svoje brány získava stále väčšiu silu ako mal predtým.
Tu je zoznam ôsich chakrových brán:
- Brána otvorenia
- Bŕana odpočinku
- Brána života
- Brána bolesti
- Brána ukončenia
- Brána šťastia
- Brána šoku
- Brána smrti